פיסטולה היא מעין תעלה מתחת לעור המחברת בין שני איברים שלא אמורים להיות מחוברים. במקרה של פיסטולה פריאנאלית זהו חיבור בין התעלה האנאלית לעור שמסביב לפי הטבעת. במחלת קרוהן הפיסטולות נוצרות בשל פגיעה מתמשכת ברירית התעלה האנאלית.
 

לרוב כירורג קולורקטלי מנוסה יכול לאתר את מספר הפיסוטולות על ידי בדיקה יסודית של אזור פי הטבעת. הכירורג יחפש פתח חיצוני ופתחים פנימיים (בתוך התעלה האנלית). כמו כן הוא יחפש את החיבור ביניהם. לעיתים יהיה צורך להפנות את המטופל לבדיקת MRI אגן או לאולטראסאונד רקטלי לצורך אפיון מדויק יותר של מהלך הפיסטולות.
 

הפתח פנימי הכוונה היא לפתח של פיסטולה בתוך האנוס (התעלה האנאלית) כאשר את הפתח החיצוני של הפיסטולה נראה על פני העור מסביב לפי הטבעת. לרוב, לפיסטולה יש פתח פנימי אחד ופתח חיצוני אחד אך יכולים להיות הסתעפויות וכתוצאה מכך מספר פתחים פנימיים או חיצוניים.
 

במחלה פריאנלית קשה עלולות להופיע פיסטולות מרובות, וחלקן יכולות גם להסתעף, כלומר פתח פנימי אחד אבל התעלה תתפצל למספר פתחים חיצוניים
 

פיסטולות סביב פי הטבעת מסווגות לפי מיקומן ביחס לשרירי הסוגר של פי הטבעת.
פיסטולות יכולות להיות :
סאבמוקוזאלית (שטחית) – אינה מערבת את השרירים.
אינטרספינקטריות – עוברת בין השרירים.
טרסנפינקטרית – עוברת דרך השרירים.
סופראספינקטרית – מעל השרירים.
פיסטולות המערבת שרירי פי הטבעת נחשבות לפיסטולות מורכבות.
 

קיימת חשיבות רבה לשמר את שרירי פי הטבעת, ולהימנע מחיתוך של רקמת השריר, וכך לשמר את תפקוד הסוגר ולמנוע אי שליטה ביציאות. לעיתים, חולי קרוהן סובלים משלשולים מרובים, לכן על אחת כמה וכמה נחוצים תפקוד תקין של הסוגרים ושליטה ביציאות
לרוב, פיסטולה פרי אנלית בחולי קרוהן נחשבת לפיסטולה מורכבת. לכן הטיפול לא יכלול ניתוח שבו נחתך השריר. גם במידה ודרך הפיסטולה עובר הסיטון (חוט המנקז) נדאג שהסיטון יהיה משוחרר ולא הדוק.

(* בעבר, אחת השיטות לטיפול בפיסטולות הייתה שיטת "cutting seton" שבה היו מהדקים מאוד את הסיטון והוא היה חותך את השריר, היום ברפואה המערבית שימוש בשיטה זו פחות מקובל, בשל החשש מפגיעה בשרירי הסוגר)
 

נוכחות פיסטולה כשלעצמה אינה מסוכנת, אך היא עשויה להוות מטרד משמעותי ולפגוע באורח החיים של הסובל ממנה. במקרים בהם הפיסטולה מפסיקה להתנקז, נחסמת והזיהום שבה הופך למורסה (אבצס) אז יש צורך לפנות לכירורג לצורך בדיקה ואף ניקוז דחוף.
 

הרגלים מסוימים. היווצרות פיסטולות היא חלק מתסמיני המחלה ומופיעה בעד כמחצית מהמטופלים בקרוהן בתוך 20 שנים מהאבחנה, כאשר בכ8% מחולי הקרוהן הן הביטוי היחיד למחלה. הסיבה מדוע חלק מחולי קרוהן מפתחים מחלה פיסטולרית אינה ברורה לחלוטין, אך יש השערות כי הגורם הוא מטען גנטי שונה. ככלל, ככל שמחלת קרוהן מופיעה במעי הגס הקרוב יותר לפי הטבעת, הסיכוי להופעת פיסטולות עולה.
 

על אף טיפול מוצלח המביא להחלמה מלאה של פיסטולות פריאנליות, לכ- 30% מהמטופלים עשויה להיות הישנות של פיסטולות. תופעה נפוצה מאד במטופלים שטופלו בטיפול ביולוגי והפסיקו.